食用菌生產(chǎn)離不開消毒和滅菌，雖然大多數(shù)的食用菌生產(chǎn)者經(jīng)常提起消毒和滅菌這兩個詞，但是其中有一部分食用菌生產(chǎn)并不是很清楚消毒和滅菌的區(qū)別。

消毒：是指殺死病原微生物、但不一定能殺死細菌芽孢的方法。

在食用菌生產(chǎn)中消毒主要是針對環(huán)境和物品進行的，比如接種室、培養(yǎng)室、接種工具、菌種袋表面等，主要消毒的方法有藥物、紫外線、臭氧三種，從消毒的定義可以看出消毒所達到的無菌是相對的無菌，只是殺死了或抑制了對生產(chǎn)有影響的微生物，而細菌芽孢和真菌的孢子仍舊具有活力。

滅菌：采用強烈的理化因素使任何物體內(nèi)外部的一切微生物永遠喪失其生長繁殖能力的措施

在食用菌生產(chǎn)中滅菌主要是指培養(yǎng)基滅菌，即熟料栽培方式培養(yǎng)基的滅菌，主要采用高壓滅菌和常壓滅菌兩種方式，從滅菌的定義可以看出來滅菌達到的無菌是絕對的無菌，通過滅菌達到殺死培養(yǎng)基中全部微生物的目的。

驗證：用微生物檢測的方法在消毒的環(huán)境中是可以檢測到“活”的微生物，而滅菌的培養(yǎng)基中則不能檢測到“活”的微生物。

在食用菌生產(chǎn)中，針對同一環(huán)境消毒的方法是多樣的，可以是一種，也可以是幾種，比如先使用藥物，再使用紫外線，多種方法的同時或者交替使用更容易達到理想的效果。

凈化既不是消毒、也不是滅菌。

凈化室（無塵室）：指將一定空間范圍內(nèi)之空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等之污染物排除，并將室內(nèi)之溫度、潔凈度、室內(nèi)壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內(nèi)，而所給予特別設計之房間。

可以看出，凈化在食用菌生產(chǎn)中是達到和消毒一樣的目的，并代替消毒，相比較消毒，凈化對人體健康沒有任何影響，因為凈化采用的是物理過濾的方式，不需要任何的藥物和化學物質(zhì)。